Words and spirit when translated into English are it's. In English spirit and words do not have gender.
You ignored the greek text
Greek texts
John 1:3 (WH1881MR) — 3 παντα δι αυτου εγενετο και χωρις αυτου εγενετο ουδε εν ο γεγονεν
John 1:3 (Alford) — 3 πάντα διʼ αὐτοῦ ἐγένετο, καὶ χωρὶς αὐτοῦ ἐγένετο οὐδὲ ἓν ὃ γέγονεν.
John 1:3 (BYZ) — 3 παντα δι αυτου εγενετο και χωρις αυτου εγενετο ουδε εν ο γεγονεν
John 1:3 (CGT Txt) — 3 πάντα διʼ αὐτοῦ ἐγένετο, καὶ χωρὶς αὐτοῦ ἐγένετο οὐδὲ ἓν ὃ γέγονεν.
John 1:3 (The Greek New Testament, as Edited by Samuel Prideaux Tregelles) — 3 πάντα διʼ αὐτοῦ ἐγένετο, καὶ χωρὶς αὐτοῦ ἐγένετο οὐδὲ ἕν. ὃ γέγονεν
John 1:3 (UBS4 Int.) — 3 πάντα διʼ αὐτοῦ ἐγένετο, καὶ χωρὶς αὐτοῦ ἐγένετο οὐδὲ ἕν. ὃ γέγονεν
John 1:3 (SBLGNT) — 3 πάντα διʼ αὐτοῦ ἐγένετο, καὶ χωρὶς αὐτοῦ ἐγένετο οὐδὲ ἕν. ὃ γέγονεν
John 1:3 (LDGNT) — 3 πάντα διʼ αὐτοῦ ἐγένετο καὶ χωρὶς αὐτοῦ ἐγένετο οὐδὲ ἕν ὃ γέγονεν
John 1:3 (NA27) — 3 πάντα διʼ αὐτοῦ ἐγένετο, καὶ χωρὶς αὐτοῦ ἐγένετο οὐδὲ ἕν. ὃ γέγονεν
John 1:3 (Scrivener 1881) — 3 πάντα διʼ αὐτοῦ ἐγένετο, καὶ χωρὶς αὐτοῦ ἐγένετο οὐδὲ ἕν, ὃ γέγονεν.
John 1:3 (Westcott-Hort) — 3 πάντα διʼ αὐτοῦ ἐγένετο, καὶ χωρὶς αὐτοῦ ἐγένετο οὐδὲ ἕν. ὃ γέγονεν
John 1:3 (TR1550MR) — 3 παντα δι αυτου εγενετο και χωρις αυτου εγενετο ουδε εν ο γεγονεν
αὐτοῦ is masculine singular
BTW I have close to a 100 English translations which say he not it